มีวิธีทำความสะอาดท่อซิลิโคนหลายวิธี และสามารถเลือกวิธีการทำความสะอาดที่เหมาะสมได้ตามความต้องการและเงื่อนไขที่แตกต่างกัน วิธีการทำความสะอาดทั่วไป ได้แก่:
ล้างด้วยน้ำสบู่ ถอดท่อซิลิโคนออกจากอุปกรณ์ ระบายของเหลวที่เหลือออก แช่ในน้ำสบู่ ถูเบาๆ เพื่อให้น้ำสบู่ซึมเข้าไปในท่อซิลิโคน ทำความสะอาดประมาณ 10 นาที ล้างออกด้วยน้ำสะอาด แล้วผึ่งให้แห้ง
ฆ่าเชื้อด้วยน้ำส้มสายชู แช่ท่อซิลิโคนในน้ำส้มสายชู โดยระวังอย่าแช่นานเกินไปเพื่อป้องกันการกัดกร่อน หลังจากแช่ไว้ 10 นาที ให้ล้างออกด้วยน้ำสะอาดแล้วปล่อยให้แห้ง
ทำความสะอาดด้วยกรดออกซาลิก เหมาะสำหรับการกำจัดตะกอน แช่ท่อซิลิโคนในน้ำกรดออกซาลิกเป็นเวลาสิบนาที จากนั้นล้างด้วยน้ำสะอาดและปล่อยให้แห้ง โปรดใส่ใจเรื่องความปลอดภัย
ทำความสะอาดด้วยโซเดียมคลอไรด์ แช่ท่อซิลิโคนในน้ำโซเดียมคลอไรด์เป็นเวลาสิบนาที จากนั้นล้างด้วยน้ำสะอาดแล้วปล่อยให้แห้ง ใส่ใจกับการควบคุมความเข้มข้นของน้ำคลอรีน เนื่องจากความเข้มข้นที่มากเกินไปอาจกัดกร่อนท่อซิลิโคนได้
ทำความสะอาดด้วยน้ำยาล้างจาน ขัดท่อซิลิโคนเบาๆ แล้วล้างออกด้วยน้ำสะอาด และตากให้แห้งในที่ร่ม
ล้างด้วยน้ำร้อนด้วยน้ำเดือด อุ่นและล้างท่อซิลิโคนในน้ำเดือดสักสองสามนาที ระวังอย่าใช้น้ำเดือดเพื่อหลีกเลี่ยงการเสียรูปหรือแตกร้าว จากนั้นผึ่งให้แห้ง
ล้างด้วยเกลือ ผสมท่อซิลิโคนกับเกลือและน้ำร้อน คนเป็นเวลาสองสามนาที จากนั้นล้างออกด้วยน้ำสะอาด
ใช้เบกกิ้งโซดาหรือน้ำยาฟอกขาวทำความสะอาด เหมาะสำหรับขจัดคราบและกลิ่น แช่ท่อซิลิโคนในเบกกิ้งโซดาเจือจางหรือน้ำยาฟอกขาวแล้วล้างออกให้สะอาด
ใช้การฆ่าเชื้อด้วยแสงอุลตราไวโอเลต ใช้เครื่องฆ่าเชื้อด้วยแสง UV ฉายรังสีไปที่ท่อซิลิโคนเพื่อให้เกิดประสิทธิภาพในการฆ่าเชื้อ